NanomeはVRを使用して分子を構築し、AIの推奨事項を現実に確認します

化学者は、分子を操作したり、タンパク質が相互作用するのを観察したり、バーチャルリアリティプラットフォームで同僚と作業を共有したりできます。

ソフトウェア会社Nanomeは、化学者が使用するソフトウェアプラットフォームを構築しましたおよび他の研究者はbに使用できますバーチャルリアリティで分子を使って実験します。

画像：Nanome

化学者は、実際の現実ではなく仮想現実で作業することの利点を最初に見た研究者の1人かもしれません。 VRソフトウェア会社Nanomeにはがありますからのボールとスティックモデルの1世紀の交換およびコンピューター画面上に分子の2D画像を作成するソフトウェアモデル。

VRプラットフォームは、同時に待ち望んでいたすべてのものに懐疑的な高学歴の研究者を獲得しました。 Nanomeの創設者兼CEOであるSteveMcCloskey氏によると、このテクノロジーが成熟するまでに数十年かかります。、” 彼は言った。「彼らは桁違いに多くの情報を持っています。」

VR体験は、特定の分子を何年も見つめている人々に、原子間の相互作用に関するまったく新しい視点を与えると彼は言いました。

「これにより、研究者はこれらの分子を完全にステレオで理解できるようになり、抽象化する必要がなくなります」と彼は述べています。

オークリッジ国立研究所の中性子散乱部門のシニアR＆Dサイエンティストであるアンドレイコヴァレフスキー氏は、ナノームソフトウェアを使用することは、タンパク質構造に足を踏み入れ、タンパク質と同じように世界を見るようなものだと述べました。 -どのプログラムもコンピューターモニターで達成できるよりも次元的です。

「小分子リガンドが標的タンパク質とどのように相互作用するかをほぼ感じることができます」と彼は言いました。 -薬物設計のための活動関係の研究とテストのアイデア。

「これはすべて、会議室にいる間にタンパク質構造を探して操作しているかのように、VRルーム内の人々と一緒に行うことができます。」彼は言った。

VRソフトウェアは彼が以前に夢見ていた分析を実行することを可能にしたと彼は言った。

“VRは私たちのプロジェクトの2つ(SARS-CoVの阻害剤-有機リン酸阻害ヒトアセチルコリンエステラーゼの2つの主要なプロテアーゼと解毒剤)は、可能な速度よりもはるかに速いペースで進行します」とコバレフスキー氏は述べています。

参照：VRトレーニングは、すべての労働者とすべてのスキルに関連する共同教育を行うために拡張されます

深澤圭太、C NanomeのOOは、VRプラットフォームを、新薬のプロトタイプを生成するAIモデルと量子コンピューティングアルゴリズムを補完するために必要なものと見なしています。

「AIがどこからともなく思いついた架空の薬を持っていても、3D構造のニュアンスを理解していなければ、AIをより良くすることを見逃してしまうでしょう」と彼は言いました。。

Nanomeは今年300万ドル以上の資金を調達し、最近、バイオ医薬品会社RoivantSciencesの研究部門であるRoivantDiscoveryとのこれまでで最大の展開を発表しました。 Roivantの計算プラットフォームは、量子力学、分子力学、および社内とクラウドのコンピューティングリソースの組み合わせを使用した機械学習技術を使用して生成される、タンパク質構造の動的な3次元の性質を予測します。

投資に加えてマクロスキー氏によると、AIと量子コンピューティングでは、従業員がアルゴリズムの結果と推奨事項を理解して批判的に評価できるように、企業はトレーニングに投資する必要があります。技術の大きな進歩を遂げた」と語った。

バーチャルリアリティで分子を構築する

McCloskyはナノエンジニアリングの学位を持っており、で会社を始めましたナノスケールで作業するための実践的なツールを作成するというアイデアを持っています。

Research Collaboratory for Structural Bioinformatics Protein Data Bankは、大きな生体分子の3D構造データを含むオープンアクセスのデジタルデータリソースです。タンパク質、DNA、RNAのPDB構造は、すべてのデータ利用者が無料で利用できます。 Nanomeユーザーは、このPDB情報をソフトウェアにロードして、実験を開始します。

研究者は、NanomeのMedChemツールを使用して、周期表から元素を選択し、小分子を設計します。ユーザーは、分子をあらゆる角度から表示し、そのサイズを手に持つのに十分な小ささから、下に立つのに十分な大きさに変更できます。 VRシミュレーションは、分子がどのように動き、相互作用するかも示しています。

「別の3Dのものと移動して相互作用する複雑な3Dのものがあり、VRはこれに非常に役立ちます」と彼は言いました。「ソフトウェアで構造を予測するだけでなく、プロセス全体を見ることができます。」

このプラットフォームには、分子およびプロジェクトデータのワークフローとAPIの統合、自動ドッキング分子動力学、計算されたプロパティも含まれています。

深縄氏によると、同社には3種類のユーザーがいます：

1時間のセッションで(またはヘッドセットのバッテリーがなくなるまで)一人で作業する個人
1人から2人が一緒に作業し、他のチームメンバーと毎週デザインレビューを行います
5からまでのグループプレゼンテーションビジネスおよび教育環境の人々

ユーザーは、後で再生するために、構造、メニュー、手と腕の動きなど、ワークスペース内のすべてのアクティビティを記録できます。ユーザーは、再生中に一時停止して構造を操作できるため、非同期コラボレーションに役立ちます。 McCloskeyは、パンデミックの初期の数か月間、オークリッジの科学者もリモートワークにプラットフォームを使用したと述べました。

ナノメは一般化学工学にも役立ちます。

「私たちのソフトウェアを使用してバッテリー研究を行っている大学の研究者もいます」と彼は言いました。

同社には、ツールに関心のある人々のための公開Slackチャネルがあります。このソフトウェアは個人使用は無料です。研究用および教室用のシングルユーザーライセンスと、エンタープライズおよびクラウドの価格帯があります。